Rederierhvervet og dets danske ansatte får væsentlige skattebegunstigelser. Erhvervet beskattes lempeligt via den såkaldte tonnageskat, og danske søfolk betaler ikke indkomstskat. Dette svarer til de skattemæssige vilkår for hovedparten af EU-landenes handelsflåde.

Der kan være argumenter for lav beskatning af rederierhvervet. Kildelandsbeskatning af kapitalindkomst, dvs. beskatning af overskuddet hos virksomhederne frem for hos ejerne af virksomheden, kan i princippet begrunde en differentieret kapitalbeskatning, som indebærer, at kapitalintensive erhverv beskattes lempeligt. I redegørelsen sandsynliggøres dog, at lempelsen nok går for langt i forhold til det hensigtsmæssige niveau. Endvidere er der ingen argumenter for at give skattefrihed til danske søfolk i handelsflåden, da rederierne har mulighed for at ansætte udenlandsk arbejdskraft med tilsvarende kvalifikationer. Især i en situation med stigende mangel på arbejdskraft er det ikke hensigtsmæssigt at subsidiere beskæftigelse i et erhverv, der har alternativer til veluddannet dansk arbejdskraft.

Problemet ved at tildele rederierne skattebegunstigelser er, at det kan fastholde ressourcer i aktiviteter, hvor det samfundsmæssige afkast er lavt. Beregninger viser, at kapitalen investeret i rederierhvervet frem til 2002 gav et væsentligt lavere samfundsøkonomisk afkast end kapital investeret i industrien. I 2003-04 vendte billedet, men det skyldtes ekstraordinært gunstige fragtrater, som allerede er faldet noget og ikke kan forventes fastholdt i fremtiden.